Em 13 de setembro de 1902, o Vitória realizou sua primeira partida de futebol vencendo o São Paulo Bahia Football Club por 2x0, na inauguração do Campo dos Mártires – atual Campo da Pólvora, quando foram vivamente aplaudidos, saindo de campo nos braços dos seus admiradores e "sob os beijos das ilustres senhorinhas que lá estiveram", segundo o jornal Correio do Brasil. O futebol era um esporte amador em todo o Brasil nessa época, tendo se profissionalizado apenas em 1933. Em 1905, foi fundada a Liga de Bahiana de Sports Terrestres, com quatro clubes: o Sport Clube Bahiano, o Clube Internacional de Críquete, o São Paulo Bahia Football Club e o Sport Club Victória. A primeira vitória do Leão em jogos oficiais ocorreu em 30 de abril de 1905, na disputa do 1º Campeonato Baiano, quando o Rubro-Negro goleou o Sport Club Bahiano por 4 a 0.

O primeiro título do Vitória no futebol foi conquistado em 1908, com 100% de aproveitamento. O ano de 1909 registrou o primeiro bicampeonato da história do clube, também conquistado no Campo do Rio Vermelho, e novamente de forma invicta. O time base rubro-negro para as duas conquistas teve a seguinte formação: Milzen, Àlvaro Tarquínio e Mário Pereira; Alberto Catharino, Adriano Porto, Noé Nunes, Armando Gordilho e Oscar Alves; Fernando Alves, Carlos Muller, e Roberto Mac Nair.

A história do Vitória começou a mudar na gestão do presidente Luiz Martins Catharino Gordilho que, ao lado de Alfredo Miguel e Jorge Corrêa Ribeiro, implantou o profissionalismo no clube em 1953. O primeiro título da chamada "era profissional" do clube ocorreu em março de 1954: o Campeonato Baiano de 1953, o primeiro disputado inteiramente na Fonte Nova, inaugurada três anos antes. A conquista rubro-negra foi sacramentada com o triunfo por 3 a 0 ante o Botafogo. Juvenal, segundo maior artilheiro da história do clube com 151 gols, e Quarentinha, que mais tarde chegaria à Seleção Brasileira, faziam parte da equipe comandada pelo técnico Volante. O Leão repetiria a dose com os títulos nos anos de 1955 e 1957.

O Esporte Clube Vitória voltou a conquistar um título após quase oito anos, já que o Campeonato Baiano de 1964 só foi conquistado em maio de 1965. Em 1966, o Rubro-Negro viria a se sagrar bicampeão baiano pela primeira vez. As conquistas do Leão foram pouco divulgadas pela imprensa devido à uma crise envolvendo o clube, a Federação Bahiana de Futebol e a imprensa. Apenas o Esporte Jornal noticiou as conquistas do Vitória.

Apesar de apenas ter conquistado o título baiano de 1972, a década de 1970 ficou marcada pelos grandes times formados pelo Vitória. Em 1974, o Rubro-Negro orgulhava-se da linha de ataque formada por Osni, André Catimba e Mário Sérgio. Naquele ano, o Leão alcançou o quinto lugar na competição.

O ano de 1976 marcou o primeiro título nordestino do clube. Ao derrotar na decisão o América-RN, o Rubro-Negro conquistou o seu primeiro título regional. O Leão, maior vencedor do torneio com cinco conquistas (1976, 1997, 1999, 2003 e 2010), venceu o jogo final por 3 a 0, gols de Geraldão (2) e Zé Júlio. A temporada também registrou maior atenção ao quadro social do clube. O processo, conduzido pelo presidente Alexi Pelágio Portela, visava garantir recursos ao clube via aumento do número de sócios via carnês, brindes e promoções, além de contratações de peso feitas pelo clube.

O Esporte Clube Vitória quebrou uma sequência de títulos do rival em 1980, ao vencer na decisão o time do Galícia, por 1 a 0, gol de pênalti do lateral Paulo Maurício. Os anos subsequentes foram de vacas magras, mas o clube passou a investir no seu patrimônio.

Em 1º de agosto de 1985, o clube lançou o seu novo hino oficial, de autoria do compositor Walter Queiroz Júnior. Era a campanha "Este hino vai levantar o Estádio", que pretendia arrecadar recursos para a conclusão do Barradão, que ficaria pronto em seu primeiro estágio no ano seguinte. O Vitória sagraria-se campeão estadual em 1985 sob a liderança do volante Bigu e os gols do atacante nigeriano Ricky. Ambos tornariam-se ídolos do clube.

Em 11 de novembro de 1986, o Estádio Manoel Barradas é inaugurado, como resultado final do projeto do Complexo Esportivo da Toca do Leão. A partida inaugural, um amistoso entre Vitória e Santos, que empataram em 1 a 1. O baiano Dino marcou o primeiro gol do estádio e abriu o placar para a equipe paulista. Heider, de pênalti, deixou tudo igual e anotou o primeiro tento rubro-negro na sua nova casa. Nesses primeiros anos de vida, o Estádio Manoel Barradas quase não era utilizado, nem mesmo para amistosos. Reinaugurado em 1991, em novo empate por 1 a 1 contra o Olimpia-PAR, o clube ainda dependia dos jogos na Fonte Nova, com o argumento de que a iluminação do Manoel Barradas impedia partidas que começassem após as 15 horas. Posteriormente, em 1994, acontece a implantação do sistema de iluminação do Estádio Manoel Barradas e a sua ampliação, habilitando definitivamente o Barradão a receber qualquer partida de futebol e se consolidando, de vez, como estádio. O clube combateu duramente a resistência de muitos em aceitarem o campo como oficial do Vitória, e a partir de 1995, finalmente, estabeleceu o Barradão como grande símbolo de mudança na história do futebol nordestino. Desse momento em diante, só deu Vitória.

O Esporte Clube Vitória voltou a conquistar um título após quase oito anos, já que o Campeonato Baiano de 1964 só foi conquistado em maio de 1965. Em 1966, o Rubro-Negro viria a se sagrar bicampeão baiano pela primeira vez. As conquistas do Leão foram pouco divulgadas pela imprensa devido à uma crise envolvendo o clube, a Federação Bahiana de Futebol e a imprensa. Apenas o Esporte Jornal noticiou as conquistas do Vitória.

Com um elenco que mesclava garra e juventude, o Rubro-Negro fez um Campeonato Brasileiro memorável, superando times como Flamengo, Santos e Corinthians no caminho. A equipe, comandada pelo treinador Fito Neves, tinha média de idade que beirava os 20 anos, e recebeu o apelido de Brinquedo Assassino. O Leão chegou à final contra o Palmeiras (cuja equipe abasteceu a seleção brasileira na Copa do Mundo de 1994), que acabaria vencendo também o Brasileirão de 94. Independente do revés na final, a equipe é lembrada até hoje com reverência pela torcida. Escalação do primeiro jogo na final: Dida; Rodrigo, João Marcelo, China e Renato Martins; Gil Sergipano, Paulo Isidoro, Alex Alves e Roberto Cavalo; Pichetti e Claudinho. Mais de 77 mil torcedores compareceram à Fonte Nova na ocasião. O goleiro Dida, o lateral-esquerdo Júnior e o volante Vampeta, todos da mesma geração e revelados na Toca, venceram a Copa do Mundo pelo Brasil em 2002.

O ano de 1997 é considerado dourado para o Esporte Clube Vitória. O Leão conquistou na oportunidade o primeiro tricampeonato estadual de sua história, além da Copa do Nordeste, derrotando o rival Bahia em ambas as finais. A temporada ficou marcada pelos altos investimentos feitos pelo clube, com a aquisição de estrelas como Bebeto, Túlio, Petkovic, Chiquinho e Russo.

Na comemoração do seu centenário o Vitória sagrou-se novamente campeão do Nordeste e teve bela participação no Campeonato Brasileiro de 1999, quando foi 3º colocado. Depois de passar pelo Vasco nas quartas de final, com direito a um 5 x 4 inesquecível, considerado por muitos o melhor jogo da história do Barradão, perdeu a semifinal para o Atlético-MG, sendo eliminado na última e decisiva partida. A equipe, comandada por Toninho Cerezo, tinha como time base: Fábio Costa, Rodrigo, Flávio, Eloi e Leandrinho, Baiano, Fernando, Artur e Preto Casagrande; Cláudio e Tuta. Para fechar bem o século, o rubro negro conquista o Campeonato Baiano de 2000.

Na primeira década do século 21, o Esporte Clube Vitória se firma como o clube brasileiro com o maior número de títulos estaduais e regionais. Apenas em 2001 o Vitória não conquistou nenhum troféu. Foram oito títulos baianos: 2002, 2003, 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 e 2010. O clube ainda levantou as taças da Copa do Nordeste em 2003 e 2010.

O Vitória mais uma vez alcançou a final de uma competição nacional. Na Copa do Brasil, o Leão eliminou equipes como Goiás, Vasco e Atlético-GO antes da decisão contra o Santos. O Vitória perdeu na Vila Belmiro por 2 a 0 e venceu no Barradão por 2 a 1. Time base: Viáfara, Nino Paraíba, Wallace, Anderson Martins e Egídio; Vanderson, Ueliton, Bida e Ramon; Elkeson e Júnior. Técnico: Ricardo Silva.

A #FábricaDeTalentos conquistou a Copa do Brasil Sub-20 em decisão emocionante contra o Atlético-MG. No primeiro jogo, em um Barradão lotado, o Rubro-Negro goleou a equipe mineira por 4 a 1 e garantiu o título na Arena do Jacaré, em Sete Lagoas (MG), mesmo com o revés por 2 a 1. O gol do título rubro-negro foi marcado por José Welison. A equipe baiana era comandada por Carlos Amadeu, atual treinador da Seleção Brasileira Sub-17.

No jogo de inauguração da Arena Fonte Nova, o Vitória aplicou um inesquecível 5 a 1 sobre o maior rival, e outro acachapante 7 a 3 no primeiro jogo final, para coroar de forma memorável a conquista de mais um Campeonato Baiano. No Campeonato Brasileiro do mesmo ano, o Rubro-Negro realizou a melhor campanha de uma equipe nordestina na era dos pontos corridos do Brasileirão. O Leão alcançou o quinto lugar.

A #FábricaDeTalentos do Vitória teve trajetória incrível na temporada 2015. O Rubro-Negro conquistou a tríplice coroa estadual ao levantar as taças das categorias sub-15, sub-17 e sub-20, sagrou-se campeão da primeira Copa do Nordeste Sub-20 e também da primeira Copa do Brasil Sub-17. O Leão ainda foi vice-campeão brasileiro sub-20. O ano de 2015 também marcou o retorno do Vitória à elite do futebol brasileiro. No jogo final contra o Luverdense, a torcida rubro-negra quebrou o recorde de público da praça esportiva em jogos entre clubes, com 41.379 pagantes.

Após três anos de raro jejum na "Era Barradão" o Vitória voltou a conquistar o Campeonato Baiano em 2016. Na decisão, o Leão venceu o Bahia no Santuário por 2 a 0, e, apesar da derrota por 1 a 0 no jogo da volta, na Arena Fonte Nova, fez a festa da Nação Rubro-Negra.